Embryopathie (von griech. pathos = Schmerz, Krankheit): Sammelbegriff für angeborene Erkrankungen und Fehlbildungen, die durch unterschiedliche Störungen in der Entwicklung der frühen Leibesfrucht bis zum 3. Schwangerschaftsmonat verursacht werden. Während dieser empfindlichen Phase der Organentwicklung führen schädigende Einflüsse je nach Ursache und Ausprägungsgrad zu einer Fehlgeburt oder zu unterschiedlichen Fehlbildungen. Da erblich bedingte Ursachen in der Regel eine spezielle Krankheitsbezeichnung haben, wird der Begriff überwiegend bei äußeren Ursachen verwendet. Typische Beispiele sind die Alkoholembryopathie, die Rötelnembryopathie und die Folgen von Contergan.
Wenn die krankheitsauslösende Ursache erst nach der Embryonalzeit wirksam wird, spricht man von einer Fetopathie.